La Sala dictó en 2007 la apertura de juicio oral para estos siete directivos de Egunkaria en contra del criterio de la Fiscalía, que no apreció indicios suficientes para vincular a este diario con el entorno de ETA, por lo que en este proceso sólo acusan la asociación Dignidad y Justicia y la AVT.
Sin embargo ahora el tribunal, presidido por Javier Gómez Bermúdez, cree que debe archivarse la causa en lo que respecta a dos de ellos: el ex dirigente de KAS Xabier Alegría, por estar condenado en el sumario 18/98 por el delito por el que se le pide juzgar, y Pedro Zubiria, por haber prescrito el delito del que se le acusa al dejar de trabajar en Egunkaria en 1991.
De este modo, lo cinco acusados que finalmente van a ser juzgados por estos hechos son los responsables del periódico.