Transcurría la madrugada del 21 de febrero de 1989, la parroquia de Omnium Sanctorum estaba vacía, fue entonces cuando los ladrones accedieron al templo y desvalijaron todos los cepillos, así como un alfiler de oro de la Virgen del Carmen. No contentos con lo sustraído, la tomaron con el Cristo de las Almas de los Javieres, que se encontraba en el suelo después de haber celebrado ese fin de semana el besapié en el presbiterio de la parroquia.
Cuando los hermanos de los Javieres se encontraron la escena al día siguiente, se quedaron estupefactos al comprobar que la imagen tenía una profunda grieta en el brazo derecho, que estaba prácticamente descolgado, así como daños en la parte posterior de la cabeza como consecuencia de haber recibido golpes con un objeto contundente.
Los daños sufridos ponían en peligro la salida del crucificado el próximo Martes Santo, y fue Antonio José Dubé de Luque el encargado de realizar una reparación de urgencia. El objetivo, a priori, era que una vez concluida la Semana Santa el crucificado de Pires Azcárraga fuera llevado a Madrid para ser intervenido en profundidad por el ICROA, por mediación de la Junta de Andalucía.
Una vez realizado el estudio sobre su estado de conservación, la junta de gobierno comenzó a plantearse la posibilidad de que el Cristo no participara durante la estación de penitencia. Y así fue. Al no haber tiempo para la restauración antes de la Semana Santa, en uno de los cabildos extraordinarios más dolorosos celebrados por esta hermandad, se decidió no sacar el Martes Santo de 1989 al crucificado, y en su lugar se dejaría un espacio de respeto en recuerdo de la imagen.
La hermandad de los Javieres, tras tomar la decisión de que el Cristo de las Almas no saldría, organizó turnos de vela por parte de los nazarenos ante el crucificado durante todo el Martes Santo, hasta las diez de la noche, pudiendo ser visitado por los sevillanos mientras la cofradía cumplía con su estación de penitencia, tan sólo con el palio de la Virgen de Gracia y Amparo.
Aquella jornada quedará grabada para la historia, porque la hermandad respetó su lugar de honor en la cofradía. Los cuatro manigueteros fueron con cirios apagados delante de la cruz parroquial, guardándole el hueco que debería haber tenido el paso del Cristo de las Almas.
Al paso de los manigueteros, las personas que ocupaban las sillas de la carrera oficial se levantaron como si estuviera presente el paso del Cristo, en señal de respeto
Aquel Martes Santo, además, la ciudad contempló por primera vez a la hermandad del Cerro del Águila llegando al centro neurálgico de la ciudad. Fue una jornada para la historia.
